1962 wurde in Rosenheim die Grenzschutz Fliegerstaffel Süd, ausgerüstet mit vier Alouette II, aufgestellt. Am 10.September 1964 zog diese um nach Schleißheim. Zu ihren Aufgaben gehörte die Überwachung der bundesdeutschen Grenzen im gesamten südlichen Raum, von Frankreich bis zur Tschechoslowakei, sowie Rettungseinsätze. Für den Gebirgseinsatz wurde ab 1969 eine Version der Alouette mit leistungsgesteigerten Triebwerken beschafft.

Ab Herbst 1968 waren bereits Bell UH-1D zugelaufen, die deutlich mehr Transportkapazität boten. Eine dieser Maschinen wurde bei der missglückten Aktion zur Befreiung der israelischen Olympia-Geiseln 1972 in Fürstenfeldbruck zerstört. Auch die zweimotorige Ausführung Bell 212 gehörte zeitweilig zum Bestand.

Noch mehr Transportkapazität brachte der SA.330 Puma, von denen der erste 1974 eintraf. Diese wurden mittlerweile durch die SA.331 Super Puma ersetzt.

Seit 1975 wurde die BGS Fliegerstaffel Süd verstärkt in das Rettungsnetz des Katastrophenschutzes einbezogen. Dazu wurde sie mit MBB Bo 105 ausgestattet, die eine orangefarbene Lackierung erhielten, im Gegensatz zum normalen Moosgrün des Grenzschutzes.

2005 wurde der Bundesgrenzschutz umbenannt in Bundespolizei. Die Fliegerstaffel Süd wurde umbenannt in Fliegerstaffel Schleißheim, das Moosgrün wurde abgelöst durch Blau. Heute betreibt sie neben der Super Puma die Eurocopter-Muster EC 135 und EC 155.